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Nouvelles scientifiques

 

Paris, le 5 octobre 2005

 

Grilles de calcul : un espoir dans la lutte contre la malaria

 

Une grande étape a été franchie dans le domaine des grilles de calcul utilisées pour la recherche de nouveaux médicaments grâce à l'expérience Wisdom, menée dans le cadre du projet européen Egee par l'IN2P3/CNRS en collaboration avec l'Institut Fraunhofer(1) et la société allemande Biosolveit : près d'1 million de médicaments potentiels pour le traitement de la malaria ont pu être testés, en seulement un mois. Cette approche ouvre la voie à la lutte contre d'autres maladies comme les maladies orphelines.

 

1000 ordinateurs à travers le monde permettant de réaliser en un mois ce qui aurait nécessité 80 ans sur un ordinateur classique : les performances de la grille de calcul européenne Egee, utilisée ici pour l'expérience Wisdom (Wide in silico docking on malaria) de recherche de médicaments pour combattre la malaria, font de l'utilisation des grilles une voie très prometteuse pour la découverte de médicaments.

La stratégie mise en place dans Wisdom repose sur la mesure de la probabilité qu'une molécule (la molécule active du médicament potentiel ou "ligand") se lie à une protéine cible, altérant ainsi son activité biologique et, dans le cas particulier de la malaria, la prolifération du parasite. Du 11 juillet au 19 août 2005, ce sont 46 millions de probabilités de liaison qui ont été ainsi calculées par les ordinateurs du projet européen Egee et de la grille régionale Auvergrid, et qui correspondent au test de près d'1 million de médicaments potentiels.
Associés au sein du projet Wisdom, le Laboratoire de physique corpusculaire (LPC) de Clermont-Ferrand (IN2P3/CNRS) et l'Institut Fraunhofer apportent leur expertise en termes d'infrastructure de grille. La mise au point des algorithmes nécessaire à la réalisation des tests est effectuée par l'institut allemand.

La prochaine étape consistera à analyser l'énorme quantité de données générées par cette expérience afin de mettre en évidence les molécules présentant les profils les plus prometteurs et de réaliser leurs synthèses chimiques avant de tester leurs réelles efficacités thérapeutiques. En permettant d'augmenter grandement le nombre de molécules testées et la vitesse de test, cette approche induit un coût moindre de développement des médicaments. D'autres maladies, comme les maladies orphelines, pourront ainsi peut-être bénéficier d'un intérêt nouveau de la part des industries pharmaceutiques.

(1) Fraunhofer institute for algorithms and scientific computing - SCAI (Allemagne)

 

Contact chercheur

  • Vincent Breton, Tél.: 06 86 32 57 51

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